Los casi dos años y medio del Gobierno del tripartito han sido muy convulsos y se han caracterizado por numerosas crisis y tensiones. Todo empezó con la formación del Gobierno catalán, cuando ERC hizo públicos los nombres de sus consejeros sin que Maragall pudiera mediar palabra. Un mes después de formarse el Gobierno, Carod-Rovira se fue a Perpiñán en coche oficial para reunirse con dirigentes de ETA. Rovira tuvo que abandonar el cargo y Maragall lo sustituyó por el republicano Josep Bargalló.

El escándalo volvió a estallar de la mano de Miquel Sellarès, secretario de Comunicación, que denunciaba a los periodistas hostiles al tripartito. Sellarès tuvo que ser destituido ante la presión del PSC.

El siguiente problema fue el patinazo de Maragall y Carod-Rovira en Israel, cuando ambos dirigentes se fotografiaron bromeando con una corona de espinas .

En octubre de 2005, Maragall intentó une remodelación pero tuvo que dar marcha atrás ante la oposición de su propio partido.

La última polémica fueron las declaraciones del consejero de Gobernación, Joan Carretero (ERC), contra Zapatero. Una vez más, Maragall no consiguió imponerse ni a los suyos ni a los aliados en el tripartito.