Primera vuelta al mundo: Abandonados a su suerte

Aprovecha Magallanes esta larga y accidentada invernada para varar las naos con el fin de limpiar y reclavar las láminas de plomo que cubren la obra viva. Esta maniobra se llevaba a cabo cuando la marea creciente estaba muy cerca de la pleamar, en ese momento dejaban los barcos varados en una playa. Cuando la marea comenzaba a decrecer ayudándose de unos cuadernales que llevaban ex profeso para estas maniobras se hacían firmes en tierra y a través de estos fuertes aparejos se maniobraban unos gruesos cabos de cáñamo que estaban arraigados en el tope de los palos macho. Cobrando de los cuadernales conseguían escorar el barco , de manera que con la bajamar una de las bandas quedaba en seco. A continuación los marineros procedían a limpiar la obra viva, los calafates a calafatear las tablas del forro dañadas y a reclavar o sustituir las láminas de plomo que se hubieran desprendido. Una vez esta banda puesta a punto, volvían a hacer la misma maniobra pero por el otro costado. Las naves se reflotaban con marea llena. En la relación de costos que tuvo la armada vemos el siguiente apunte: «Ocho cuadernales se compraron para varar las naos».

Finalizada esta puesta a punto, el día 24 de agosto, Magallanes hace cumplir la sentencia por él dictada a principios de abril. Son dejados en tierra, probablemente el mismo día de la partida, Juan de Cartagena y Pedro Sánchez de la Reina , cabecillas de la rebelión, a los que entrega como todo alimento una talega de bizcocho y una botella de vino para cada uno. Cruel sentencia; Magallanes era consciente de la horrible muerte que iban a tener estos dos hombres, abandonados en la nada, en una tierra árida e inhóspita y sin posibilidad alguna de conseguir alimentos. Hecho esto, inmediatamente da la orden de levar anclas y salir a la mar, él era consciente de que entre los tripulantes de las naos había muchos partidarios de los dos desterrados. El frío y el hambre que estos dos desgraciados padecerían a la vista de sus hasta ahora compañeros podría provocar un nuevo levantamiento contra el capitán general.

Durante la estancia en San Julián mueren tres hombres: el 2 de julio se ahoga en el río el lombardero de la San Antonio Rogel Dupret ; por enfermedad, el 13 de julio el calafate de la Trinidad Felipe Genovés , y cinco días más tarde, el tonelero de la Concepción Pedro Pérez .

El día 26 de agosto las naves llegan al estuario del Río Santa Cruz fondeando en las cercanías del lugar donde naufragó la Santiago . En este surgidero esperan durante cincuenta y tres días a que la meteorología les sea más favorable, pues los vientos y el frío les siguen combatiendo sin cesar, hasta tal punto que debido a uno de los frecuentes temporales de la zona están a punto de perder las naves cuando se encontraban en el interior de este río. «Toda la escuadra estuvo a punto de naufragar a causa de los furiosos vientos que soplaron y de la mar gruesa, pero Dios y los cuerpos santos nos socorrieron salvándonos».

Todas estas dificultades, insalvables para hombres menos curtidos que estos marinos, no dejan de preocupar al capitán general, que ve como a medida que se va acercando a las zonas polares el clima va siendo más severo. El cronista Lopéz de Gómara nos refleja cuál era el estado de ánimo de Magallanes. «Tuvo entonces Magallanes un miedo grandísimo y anduvo desatinado como quien anda a tientas; estaba el cielo turbado, el aire tempestuoso, el mar bravo y la tierra helada». No era para menos tal cuadro, desolador en extremo, no podía traer sino preocupaciones a un hombre cargado con la responsabilidad de llevar a buen fin a unas naves y a unos hombres, y con la posibilidad del regreso prácticamente inexistente, ya que ello hubiera significado la ruina del proyecto y con ello el definitivo fin de sus sueños. Pero Magallanes no es hombre que se achique ante las dificultades, todo lo contrario, ya hemos podido ver que cuando los acontecimientos se les ponen en contra, su ánimo se crece hasta límites increíbles, convirtiéndole en lo que llegó a ser: un gran marino y un gran estratega. Estos casi dos meses de espera lo dedican a pescar, llenar de agua los toneles de agua, embarcar toda la leña que les cupiera a bordo para el fogón, y estibar todo el material salvado de la Santiago a bordo de las cuatro naos que aún le quedaban operativas. Cuando transcurrido este tiempo los expedicionarios observan que las condiciones de mar y viento comienzan a mejorar, deciden volver salir a la mar para continuar su camino hacia el Sur, no sin antes distribuir entre las cuatro naves los tripulantes de la nave perdida.

La lista de fallecimientos sigue creciendo. En Santa Cruz , mueren cuatro hombres más: el día de la arribada fallece el sobresaliente de la San Antonio Hernández ; el postrero día de agosto muere ahogado el carpintero de la Victoria Martín de Gárate ; el 16 de septiembre, el marinero de la San Antonio Jacome de Mesina ; y el 29 de septiembre, el condestable de la Victoria Jorge Alemán .