El Juan Sebastián de Elcano no tiene un himno oficialmente reconocido, lo que no deja de sorprender, pues la Marina ha dado también grandes músicos, muchos de los cuales recorrieron la cubierta del buque-escuela. Cabía por tanto esperar una marcha, un pasodoble con el que dar fe de vida en las apoteósicas entradas y salidas de los puertos. Quizás sea el Ganando Barlovento del comandante Sáenz de Arana los sones con los que más se identifica la nave embajadora, ya que sus notas vibrantes y marciales tienen profundos ecos ultramarinos y se acompañan perfectamente con el mecer del buque.

Pero si Elcano no tiene música propia, si tiene voces contrastadas. Un coro de guardiamarinas y marineros participaron en la grabación del disco Embajadoras en azul, la primera vez que acudieron a la semana naval de Kiel. Las canciones grabadas fueron Bohemios, la Bella Lola, Manuel y la vasca Achuri Churo. Se hacía patria al navegar y también las gargantas bien templadas cooperaban a ello.

El compositor y concertista gaditano Felipe Campuzano compuso una pieza inspirada en el buque-escuela bajo el título Homenaje a la mar de Cádiz y al buque de guardiamarinas Juan Sebastián de Elcano.

El carnaval no podía ignorar al velero y así el coro Los Buhoneros, que fue el primer premio del concurso en el Carnaval de 1979, le dedicó un sentido tango. Así dice una de sus estrofas: «Cumple su edad, nave inmortal, Juan Sebastián de Elcano, símbolo gaditano, surcando va por el mar. No hay temporal ni vendaval, que pueda con sus velas, porque marcado lleva, sudores de al ciudad. Marinero de proa sube al palo mayor, cuando salgas de la bahía, sentirás con amor, que este bello rincón, te despido por alegrías».