Las organizaciones ecologistas son los primeros detractores de la concesión de las banderas azules de la FEE. A su juicio, estas etiquetas responden más a intereses turísticos que a cuestiones ambientales. Ecologistas en Acción ha reiterado que las banderas se han concedido en muchas ocasiones a espacios con graves irregularidades en sus aguas, su desarrollo urbano y en la conservación de espacios naturales, como ocurrió en 2002, cuando fueron premiadas playas del Cantábrico afectadas por el fuel del petrolero Prestige.

Los grupos ecologistas recomiendan a los ayuntamientos que quieran gestionar sus playas con transparencia la adopción de sistemas acreditados por la norma ISO 14001, el único estándar internacional para sistemas de administración del medio ambiente.