Fosas de la Guerra Civil
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En octubre de 2008 el juez se declaró competente para investigar las desapariciones durante la Guerra Civil y los primeros años de la dictadura. Desde el principio, la Fiscalía se opuso con el argumento de que el instructor no tenía jurisdicción. Garzón llegó a enfrentarse incluso con la Sala de lo Penal. Finalmente, el 16 de noviembre el juez tiró la toalla cuando comprobó que Franco y el resto de jefes militares y de la Falange estaban muertos.
LOS PROTAGONISTAS
El sindicato ultraderechista Manos Limpias, presidido por Miguel Bernard, ex dirigente de Fuerza Nueva, se querelló por prevaricación. Manos Limpias, que había formulado 17 demandas anteriores sin éxito contra el juez, le denunció por prevaricación. Después se unió como demandante la Falange para «lavar» su honor. El magistrado Luciano Varela estimó que Garzón se saltó la Ley de Memoria Histórica y la de Amnistía. La querella fue admitida por la Sala de lo Penal en un auto redactado por Adolfo Preso, patrono de la Fundación para la Defensa de la Nación Española.